Η Cronus Airlines ιδρύθηκε το 1994 από τον Όμιλο Λασκαρίδη. Τα πρώτα της δρομολόγια τα εκτέλεσε τον Απρίλιο του 1995 με ένα μισθωμένο Β737-300. Αρχικά η Cronus εκτελούσε αποκλειστικά δρομολόγια στο εσωτερικό της χώρας και πτήσεις charter. Δύο ολόκληρα χρόνια, η Cronus είχε μονάχα ένα αεροσκάφος. Το 1997 προχώρησε στην επιπλέον μίσθωση αεροσκαφών.
Με αργά, αλλά σταθερά βήματα η εταιρία κατάφερε να γίνει η μεγαλύτερη ιδιωτική αεροπορική εταιρία της χώρας. Από τον Φεβρουάριο 2001 προσέφερε το Cronus Club (frequent flyer program), απασχολούσε 400 άτομα και είχε συνάψει συμφωνίες με περισσότερες από 40 εταιρίες του χώρου.
Το Μάρτιο 2001 η Cronus υπέγραψε συμφωνία τύπου code-share με την AEGEAN Airlines του Ομίλου Βασιλάκη, και από τις 23 Απριλίου του ιδίου έτους, οι πτήσεις των δύο εταιριών εκτελούνταν με κοινούς κωδικούς (Α3 & Χ5). Λίγους μήνες αργότερα τα Β737 της Cronus Airlines πήραν το χρώμα της AEGEAN και έφερναν τον (μεταβατικό) τίτλο AEGEANCronus Airlines. Στις 28 Οκτωβρίου 2001 η Cronus, τελικά, ενσωματώθηκε πλήρως στην AEGEAN.